… tuned to a dead channel

Pálinkás József az Akadémia új elnöke.

Az Orbán-kormány volt oktatási minisztere akadémiai elnöki koncepciójáról szólva kifejtette: “Az MTA 1825-ös alapításától kezdve elég sok éve működik olyan stabil hagyományokkal, amelyek megváltoztatása badarság lenne, s a tudományban sem volt olyan változás az elmúlt években, ami gyökeres átalakulást igényelne”.

Khm. Éppen szétbasszuk a bolygót magunk alatt, a molekuláris biológia zsákutcában, küzdünk a komplex rendszerek modellezésével/megértésével, egyre csúnyább etikai kérdések kezdenek felmerülni a biológiában, informatikában, mesterségesintelligencia kutatásban, orvostudományban, de egyébként semmi baj. És ugye a helyi viszonyokat még nem is érintettem.

Csak egy cikk - inkább biológusoknak - a millió közül amit most összeszedhetnék.

Egyébként eléggé el van hanyagolva ez a blog mostanában, és ez nem tudom mikor változik (ma este, jövő héten, soha), de hát ez van.

Egyszerűen meg kell szekvenáltatnom a genomomat. 1000 szaros dollár az egész, meg a postaköltség, hogy egy kis nyálat elküldjek a megfelelő laborba.

A Google egyre durvább lesz, ahogy elnézem. Hamarosan várható valami Google Health elnevezésű dolog, ami egészségügyi profilokat tárol, rendszerez és elvileg a megfelelő orvoshoz irányít, a megfelelő kezelést javasolja, miközben egy kis szociális hálózatépítés is folyik (Hú, te is 5 helyen törted el a lábszárad? Melyik orvoshoz menjek?). Emellett szeretnék a tudományos adatokat is rendszerezni, beleértve a fel nem használt, feledésbe merült dolgokat is, ráhúzva az egészre egy adatbányász felületet. A scholar.google.com pedig a különböző publikációk között keres, és néha már most is jobb mint a PubMed. Ehhez még hozzávesszük a 23andMe és hasonló cégek törekvéseit, az olcsó szekvenálási eljárásokat, és vagy belefulladunk az irtózatos adathalmazokba, vagy pedig rájövünk hogyan is kéne ezeket rendszerezni, elemezni, összekapcsolni, és utána aggódunk a privacy miatt.

Ilyet. Akarok. Most.

In what sounds like a dream for millions of tired coffee drinkers, Darpa-funded scientists might have found a drug that will eliminate sleepiness.

A ScienceBlogs egyik posztján keresztül jutottam a Redfield Lab-ig, akik azért érdekesek, mivel minden kutatónak _kötelező_ blogot írni a kutatásairól. Mint az open access, webkettő és hasonló dolgok híve (+ többé-kevésbé gyakorló kutató), alapvetően egyetértek a dologgal, több okból is. Így mindenki képben van a másik kutatásaival, nem csak az utolsó pillanatban, a cikkíráskor kerül az egész téma megvitatásra. Kikerülnek azok az adatok is, amelyeket egyébként lehet hogy jótékony homály fedne, mivel éppen cáfolják a dédelgetett hipotézist, vagy egyszerűen nem bizonyítanak semmit. Kénytelen mindenki végiggondolni és megfogalmazni időről-időre az elképzeléseit, és erre igen nagy szükség van, elnézve azt, hogy mindenféle konferenciákon, előadásokon milyen küzdelem folyik akár a csak alanyt és állítmányt tartalmazó mondatokkal is, a szakdolgozatokról, TDK dolgozatokról már nem is beszélve.

Hátránya a dolognak, hogy semmi perc alatt lenyúlják az ötleteket, ha egy felkapottabb kutatási területről van szó, másrészt már nálunk is úgy kezdi a főnök a megbeszélést, hogy ha valami eredmény van, akkor azt először szabadalmaztatjuk, és csak utána írunk cikket vagy akármi mást.

Ettől függetlenül lehet ki kéne próbálni valami ártalmatlanabb témán, bár ehhez a rohadt bloghoz sincs sok energiám mostanában, nemhogy egy másodikhoz.

Kissé hanyagolva van mostanában a tudományos/bioinformatikus vonulat errefelé. Már gondolkodtam, hogy kéne külön egy tematikus blog, meg egy a saját faszságaimnak, de hát ez így izgalmas, ki tudja miről szól a következő poszt, bazmegezés lesz-e, bioinformatika, vagy valami elbaszott művészember.

Szóval : nagyon pörögnek mostanában a weben garázdálkodó tudósok körében a videómegosztó oldalakkal kapcsolatos viták. Használható-e a videó, és ha igen, pontosan mennyire és mire a tudományos vitákban. Hirtelen 3 + 1 oldalt tudnék kiemelni. Bioscreencast : biológiával kapcsolatos oktatófilmek. Elsősorban persze bioinformatikai témákról van szó, de remélhetőleg amint lehetőség lesz saját videók feltöltésére, megismerhetjük például a szumátrai orrszarvú mesterséges megtermékenyítésének különféle módszereit is. A SciVee különféle videókommentárok csatolását teszi lehetővé adott cikkhez. Mindez a PLoS, NSF és SDSC támogatásával. A JoVE a legambiciózusabb, megpróbálják vizualizálni és publikálni a ma már eléggé bonyolult kísérleti módszereket. Kérdés, hogy mennyire lusták a kutatók (nagyon), amikor arról van szó, hogy fogni kéne egy videókamerát és azzal bohóckodni a laborban. A blog és a link/cikkmegosztás már átütötte az ingerküszöböt, de erre még várni kell egy kicsit valószínűleg. + 1 szolgáltatásnak meg itt van az Eyejot, amivel videóüzeneteket küldözgethetünk egymásnak, és még csak külön szoftver sem kell hozzá. Ja és ha már videó, akkor YouTube mellett tessék nézegetni a Kyte.tv, Blip.tv, Brightcove és Metacafe felé is. Hosszabb lista a tudományos videókkal foglalkozó oldalakról.

Írnék még ide arról is, hogy a Nature már a Second Life-ba is beférkőzött, és milyen egyéb dolgok vannak arrafelé, ha a SL fejlesztői nem szarnának nagy ívben az integrált Intel videókártyával rendelkező lúzerekre, de hát nem volt egy jótét lélek sem, aki hozzámvágott volna még 300k-t tavaly ilyenkor, hogy semmiképpen se MacBook-ot vegyél, hanem inkább MacBook Pro-t.

Van Bio::Blogs 14. rész a My Biotech Life-on. Ezt is többet kéne reklámozni (meg olvasni).

Egyébként pedig igen trükkös dolgokat lehet csinálni a DNS-el, egyes pihentagyúak például azon gondolkodnak, hogy hogyan lehetne az úgynevezett junk DNS (itt most habzó szájjal üvöltök, hogy nincs junk DNS bazmeg) helyére tetszőleges információt bezsúfolni és pl. hangyákon vagy baktériumokon keresztül mindenféle szövegeket, információkat megmenteni az enyészettől. Akadnak egyébként igen trükkös paraziták is, amelyeknek van pofájuk a teljes genomjukat átpasszolni a gazdaszervezetnek, aztán levan a gond mindenről. Az a junk DNS lehet, hogy már csak ezért sem junk DNS. Bővebben itt.

És megint megküzdöttem a grafikus felülettel, amikor óvatlanul fel akartam tolni a Gnome 2.18-as verzióját. Alig 2 nap alatt helyre is raktam azt a láncreakciószerű összeomlást, ami egy szar perl modullal indult.

Hallgassatok ilyeneket : Cyberdog Vol.4, Penta, Siva Six, Time Lock. Hihetetlen módon, de ezeket pénzért vettem. Akik viszont nem hajlandók a neten, normális minőségben, DRM nélküli zenéket árulni, azokra továbbra is a letöltés vár azokat soha nem fogom meghallgatni.

Open access, tudományos publikálás és web : masszív 76 oldalas összeállítás a témában itt : link [pdf].

(a címek pedig a kibaszott spamekből vannak, amik mostanában kezdenek kissé elszaporodni felém)

Talán mégis van valami értelme elküzdeni magunkat a Marsig.

If we knew how to live on Mars, we’d know how to reduce our footprint on Earth. Space colonization is the Rosetta stone for earthly sustainability because it’s entirely about living in the absence of ecosystem services. The Moon, Mars and the asteroids are a great experimental laboratory that we’re ignoring at our own peril.

link

Firefox használó kutatóknak talán hasznos lehet a következő extension cikkgyűjtéshez, rendezgetéshez, ilyesmihez. Nekem valahogy nem sikerült megszoknom eddig, de még küzdök.

Zotero is an easy-to-use yet powerful research tool that helps you gather, organize, and analyze sources (citations, full texts, web pages, images, and other objects), and lets you share the results of your research in a variety of ways. An extension to the popular open-source web browser Firefox, Zotero includes the best parts of older reference manager software (like EndNote)—the ability to store author, title, and publication fields and to export that information as formatted references—and the best parts of modern software and web applications (like iTunes and del.icio.us), such as the ability to interact, tag, and search in advanced ways.

Már nem tudom hogyan, de sikerült rátalálni a Galaxy nevű genomböngésző, adatvizualizáló és elemző oldalra. Egész korrektnek tűnik, UCSC, BioMart, ENCODE és egyéb adatokkal lehet bűvészkedni, összevonni, konvertálni, elemezni. Ott figyel benne az EMBOSS is, de némi statisztikára és filogenetikára is lehetőség van. Eredeti cikk.

Adatbűvészkedéssel kapcsolatban pedig a következő nagy kérdés az lesz, hogy szükség van-e arra, hogy a kutatók a cikkekben szépen kicsiszolt (esetleg összehazudott vagy kozmetikázott) eredmények mellett a nyers adatsorokat és protokollokat is közöljék valahol. A protokollok esetén nem meglepő, hogy a leközölt verzió nem mindig tartalmazza az összes információt, ami egy adott kísérlet sikeres megismétléséhez kell, pedig az egész rohadt tudományos kutatásnak ez lenne az egyik alapja (reprodukálhatóság). Persze van amit tényleg nem lehet pontosan megismételni, úgy, hogy ugyanaz a biológiai eredmény jöjjön ki (lásd microrarray), de sokszor még a szekvenciaadatok vagy alapvető lépések is hiányzanak, ahonnan egyáltalán el lehetne indulni és nem véletlenül. A másik probléma pedig a nyers adatok kiértékeléséhez kapcsolódik. Mindenki próbál szép, egyértelmű, saját szája íze szerinti statisztikával és módszerrel kiértékelt eredményeket mutogatni, na de mi van ha más is szeretné megnézni a dolgot, aztán egy másik módszerrel szintén kielemezni?

Mindezekre nagyon egyértelmű lenne az a megoldás, hogy különféle neten elérhető adatbázisokba felrakom az egészet, aztán belinkelem a megfelelő cikkek mellé, de amíg ez nem kötelező (és adott tudományterület félisteni szakértője úgy publikál ahogy kedve van ), nem sokra fogunk menni. A PLoS One simán próbálkozhatna ilyenekkel, miután a Creative Commons alapján kezd összeállni valami Science Commons néven. A kutató leközölhetné az adatait és protokolljait úgy, hogy megadja a felhasználás feltételeit is nagyvonalakban. via

Mi az, amit talán mégse kéne kipróbálni otthon : mikrohullám, folyékony nitrogén, Tesla tekercs és robbanószerek. Persze azt mindenki tudja, hogy a CD mit csinál a mikróban, és egyes laborban unatkozó phd hallgatók talán még azt is, hogy mi lesz ha leöntöm folyékony nitrogénnel, de a többit azért tényleg nem kéne.

Aztán, ha mégis rákosak lennénk a sok rohadt vegyszertől, mostantól reménykedhetünk a személyre szabott gyógyszerekben és kezelésben, bár nagy tételben nem fogadnék, hogy ez mostanában forgalomba kerül errefelé. (via)

Unalmas óráinkban pedig, amíg a kórházban próbálnak minket kikezelni, ahova a saját hülyeségünk miatt kerültünk, olvashatunk egy újabb nagyon komoly tudományos folyóiratot, ami a mostanában egyébként is igen trendi systems/synthetic biology témakört lőtte be magának. Gyorsan ,mert csak egy évig ingyenes, és úgyis megdöglik, amint a Nature kitalálja, hogy már nem is akarják ezt a témát pörgetni, hanem keresnek valami újat, mert a sysbio mellett a nanotechnológia, őssejtek és az RNS silencing iránt is megkopott az érdeklődés. (via)

Persze az, hogy ki is a legkeményebb kutató ha ketrecharcra kerül sor, továbbra is mindenkit érdekelni fog. Mindez kissé Celebrity Deatmatch stílusban, csak éppen szövegben gyurmafigurák helyett. Einstein vs. Descartes, Newton vs. Freud and more!