… tuned to a dead channel

Úgy néz ki menni fogok szeptember végén ide, és megtartom életem első angol nyelvű előadást. Hajjajj.

Utolsó adag.

Highlight Tracks

Saurabh Sinha - Genome scan for cis-regulatory DNA motifs associated with social behavior in honey bees

Érdekes előadás volt, bár a dolog még nagyon az elején jár. Úgy tűnik, hogy a méheknél a szociális viselkedési minták kialakításában ugyanazok a gének vesznek részt, amelyek a korai embriogenezist és az agy kialakulását szabályozzák. A másik lényeges megfigyelés az volt, hogy ezen gének promótere G/C gazdag motívumokat tartalmaz, esetleg az egész promóter G/C gazdag. A méhek genomja egyébként alapvetően A/T gazdag.

Boris Lenhard - Genomic Regulatory Blocks and Conservation of Synteny

Gerinces fajokban találhatók úgynevezett ultrakonzervált nem kódoló elemek. Ezek az elemek akár több 100 bázispár hosszúak is lehetnek és sokszor akár a halaktól az emberig bezárólag minden fajban bármilyen különbség nélkül megőrződtek. Kérdés, hogy mi a szerepük. Az egyik elképzelés szerint enhancerként funkcionálnak, és bizonyos gének tér és időbeli kifejeződését szabályozzák, akár több 1000 bázispár távolságból, úgy, hogy a közbeeső génekre semmilyen hatással nincsenek. Ez magyarázatot adhat arra a megfigyelésre is, hogy azon régiók, amelyekben ilyen ultrakonzervált elemek vannak, szinténikusak minden fajban, nincs semmilyen genomátrendeződés a környéken. Ha lenne, akkor az elem nem tudná kifejteni hatását a célgénre. Úgy tűnik, hogy általában transzkripciós faktor és miRNS gének esetében vannak ilyen mechanizmusok.

Adam Godzik - The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition

Craig Venter újabb megalomán projektje. Végighajózta egy rakás kutató a Földet, baktériummintákat gyűjtöttek mindenhonnan, majd megszekvenálták az egész halmazt és ORF-eket kerestek bennük (a baktériumok nem voltak faj/törzs/akármi szerint szétválogatva, csak egy közösségi DNS minta volt, mivel az előadás szerint a baktériumok ~90%-a nem tenyészthető ki, ha ki van szakítva a dög a saját szimbionta közösségéből). ORF alatt itt egy legalább 60 aminosav hosszú régiót értettek. Ezek után az ORF-ekhez hozzácsapták az NCBI, a TREMBL és egyéb adatbázisok összes proteinszekvenciáját (28.6 millió összesen), belökték valami szuperszámítógépbe és klaszterezték az egészet, majd kicsit megtisztították az adathalmazt. A végére maradt 6 millió szekvencia az újakból, igen sok proteincsalád jelentősen bővült és lett még kb 4000. Szóval igen sok proteinnel még nem is találkoztunk soha, lesz még min rágódni. Könyv.

Steven Brenner - Unproductive splicing of SR genes associated with highly conserved and ultraconserved DNA elements

Lényeg : az alternatív splicing során igen sokszor az egyik izoforma NMD (nonsense mediated decay) segítségével lebomlik, mivel stop kodont tartalmaz. Ez állítólag a több izoformával rendelkező gének 45%-ával megesik. Sokszor egy “mérgező” exon kazetta kerül a lebontásra ítélt izoformába, ami a stop kodont tartalmazza. Az SR gének esetében a “mérgezés” miatt lebontott izoforma az, ami eredetileg nagyobb mennyiségben átíródik. A “mérgező” kazetta elvileg egy ultrakonzervált régióban helyezkedik el (lásd feljebb). Valójában azonban semmilyen konzerválódásról nincs szó, teljesen függetlenül alakult ki ugyanaz a régió, ami bázispárra megegyezik, minden fajban. Lehet, hogy más ultrakonzervált régiók sem konzerváltak valójában. Hoppá.

Keynote 8

Terry Speed - Genome-wide genotyping: the great classification challenge

Bassza meg, erről nem jegyzeteltem semmit, pedig jó volt.

Keynote 10

Temple Smith - Computational Biology : What is next?

Röviden és egyszerűen : szar volt. Biztos kevés volt az emberáldozat. Csökkenni fog az adatbázisok és eszközök száma, bele kell verni a biológusok fejébe a bioinformatikát, stb. Aha.

Szóval hiányzik még a tegnapi összes előadás, meg majd még lesz a ma délutániakról is szó, most viszont kénytelen leszek végre körbenézni Bécsben kicsit. Talán csinálok néhány képet, meg veszek az arra érdemes embereknek bonbont, ilyesmit, magamnak meg Transmetropolitant, ha van. Ja és a kombinált Schiele, Klimt, Kokoschka kiállítást is meg kéne nézni.

Itt van a Bioinformatics különszáma : link. Az összes olyan előadás anyaga, ami eddig csak a konferencia Papers szekciójához volt belinkelve, elérhető itt. Open source, nagyon helyesen.

Zárásként pedig, a megfelelő mennyiségű emberáldozat bemutatása után, manifesztálódik majd közöttünk Temple Smith és a bioinformatika jövőjéről fogja az észt osztani. Smith-Waterman algoritmus ugye, a gyengébbek kedvéért.

Második adag tegnapról.

Computational epigenetics and chromatin regulation special session

W. S. Noble - DNase I hypersensitive mapping and chromatin states

Eran Segal - What controls nucleosome positions?

Szép meg jó volt ez a kettő, több epigenetikával foglalkozó cikket kéne olvasni. Állítólag minden aktív szabályozó régió hiperszenzitív DNase I hasításra.

Keynote 6

John Mattick - The majority of the genome of complex organisms is devoted to an RNA regulatory system that directs differentiation and development

Szóval : az úriember hipotézise szerint a szabályozást igénylő gének számának növekedésével a szabályozásban résztvevő gének száma nem lineárisan növekedik, hanem durvábban. Ennek a növekedésnek van egy felső határa, because of the regulatory overhead (áá, valaki fordítsa le magyarra). A rendszer kénytelen egy idő múlva az analóg szabályozásról (transzkripciós faktorok, grádiensek, stb) átállni a digitálisra (miRNS). Digitális, mivel ha ott van a miRNS, akkor a transzkriptum lebontódik, ha nincs, akkor nem. Persze ez nem egy tökéletes 0-1 rendszer, de valami van.

Irtózatosan sok cikket is mutogatott, ami szerinte azt az elméletet támasztja alá, hogy a genom átíródó része, ami egyesek szerint akár 80-90% is lehet, funkcionális szereppel rendelkezik. Elsősorban a transzkripciós szabályozásban, epigenetikai folyamatokban, hasonlókban vesznek részt. Az igaz, hogy RNS-t szintetizálni sokkal egyszerűbb és kevésbé költséges, mint valami proteint, de akkor mi szabályozza ezt az irtózatosan sok RNS-t? Lesz valami harmadik szint? És akkor azt mi fogja szabályozni?

(Erről a keynote-ról még írni kéne sokat, de kissé másnapos és fáradt vagyok.)

Újabb előadások.

Highlights

Cristophe Blanchet - GRID Deployment of Legacy Bioinformatics Applications with Transparent Data Access

Na azt hittem, itt majd megmondják az okosat a transzparens adatfeldolgozástól kezdve a GRID építésig. Valójában kb annyi volt, hogy tényleg nagyon nehéz több száz adatbázist és programot integrálni és valami GRID-en szétosztani, úgy hogy a júzer ne zavarodjon bele teljesen. Kösz, ezt én is tudtam. Viszont megemlített az előadó egy Parrot nevű programot, ami pl a GRID fájlrendszerét transzparenssé teszi a júzer számára. Ez egész hasznosnak tűnik.

Yvan Saeys - Translation initiation site prediction on a genomic scale: beauty in simplicity

Egész okos csávó, kíváncsi vagyok a felhasznált egyszerű módszerek mennyire használhatók mondjuk transzkripciós starthelyek keresésére.

Saurabh Sinha - A statistical method for alignment-free comparison of regulatory sequences

Na ez volt eddig a legjobb. Hogyan hasonlítsunk össze funkcionálisan rokon, de nem ortológ szekvenciákat, túlságosan divergált ortológokat és hasonlókat. A kifejlesztett program rövid darabok (pentamer, hexamer) gyakoriságát nézi a összehasonlítani kívánt szekvenciákban, és egy statisztikát ráhúzva megmondja, azok mennyire hasonlítanak. Kifejezetten jó lehet promóterek összehasonlítására, amelyekben (remélhetőleg) konzerválódott cisz elemek vannak. Ha pedig mondjuk ortológ promótercsoportokat hasonlítunk össze, akkor állítólag mégfaszább. A program majd elérhető lesz itt : link.

Keynote 5 (igen, a mai elsőt kihagytam, a tömegspektrometria annyira nem áll közel hozzám)

Eran Segal - Quantitative Models for Chromatin and Transcription Regulation

We are all doomed. A transzkripciós faktor kötőhelyek között vannak erősek, gyengék, kooperálnak vagy kioltják egymást, elfoglalják egymás elől a helyet és nem mindegy az orientációjuk sem. Ráadásul már nem ez az első előadó, aki felveti a nukleoszómák pozicionáló/kofaktor szerepét. Mindez csak azért szopó, mert mi meg favágó, primitív, eccerű módon, szimplán a evolúciós konzerváltság alapján akarunk funkcionális transzkripciós faktor kötőhelyeket keresni. Ja és könyörgöm, szakadjon már le valaki végre a kibaszott élesztőről és muslicáról. Lombikban tartott, klónozott csecsemőket akarok, akiken megvizsgálja valaki ezt az egész témát.

(Most pedig jön a mai harmadik kávé, aztán megint előadások, pedig olyan fasza kis konnektort találtam. Ugye itt kíméletlen harc folyik az erőforrásokért : villany a lemerült laptopnak, kávé, fotel és lazacos szendvics a lemerült kutatónak.)

• szar salátákat adtak ebédhez
• nem kaptam kanalat a kávéhoz
• még mindig kurva lassú a wifi
• hallottam egy nagyon fasza előadást, amiről majd még írok
• meg egy másikat, ami nagyon rossz volt
• kurva sok poszter van, amit képtelen leszek végignézni
• 8 párhuzamos helyen vannak előadások
• ezekből már látszik, hogy kurva sok ember is van (kb 2000)
• este “student party” lesz, amihez sok reményt nem fűzök, de hátha
• még mindig nem láttam egy Linux pingvint se
• van viszont sok Apple laptop, és nem lehet villogni, mint nálunk a Balkánon
• a narancssárga Pall Mall-re Los Angeles felirat van írva
• ráadásul több benne a kátrány és nikotin, mint Magyarországon

További előadások tegnapról :

Highlights

Jason Ernst - Reconstructing Dynamic Regulatory Maps

Szó volt a Dynamic Regulatory Events Miner nevű programról, ami dinamikus szabályozási hálózatokat modellez egy HMM segítségével.

Israel Steinfeld - A genome wide analysis in Saccharomyces demonstrates the influence of chromatin modifiers on transcription

Kromatin módosítás és transzkripciós szabályozás kapcsolata. A transzkripciós faktorok és a kromatin modifikáció együtt adja meg, hogy egy adott gén expresszálódik vagy nem. A kromatin modifikáció tulajdonképen egy kofaktorként is felfogható a transzkripciós faktorok mellett.

Timothy Reddy - Binding Site Graphs : A New Graph Theoretical Framework for Predicition of Transcription Factor Binding Sites

Érdekes megközelítés a motívumkeresésre promóterekben. Gráfokkal próbálkozik, kár hogy szokás szerint élesztőben még működik a dolog, ember és egér esetében viszont már használhatatlan teljesen (tipp : lásd előző előadás).

Keynote 3

Michael Eisen - Understanding and exploiting the evolution of the sequences that control gene expression

A tökéletes kötőhely sem biztos, hogy funkcionális, ami konzervált az nem biztos, hogy funkcionális, ami nem konzervált az lehet, hogy funkcionális , ami biokémiai folyamat lezajlik, az még nem biztos, hogy kell is akármire, csak éppen nincs rá szelekciós nyomás, mert nem oszt, nem szoroz. Ha-ha, megszívtuk. Viszont open source = good, not open source = bad.

Utána meg volt egy másfél órás poszterszekció. Jajj. Odajön a csaj, elolvassa a címet, aztán : “Could you explain your poster to me?”. Anyádat, talán könnyebb lenne mindenkinek, ha magát a posztert is elolvasnád.

Kép nincs, mer kurva lassú a hálózat, és nincs kedvem az átméretezéssel szórakozni.

Eddigi termés előadásokból :

Keynote 1

Erin K. O’Shea - Dissceting Transcriptional Network Structure and Function

Egész korrekt volt, transzkripciós hálózatok vizsgálata, microarray, ChIP on Chip, KO mutánsok.

Paper tracks

Oved Ourfali - SPINE: a framework for signaling-regulatory pathway inference from cause-effect experiments

Hát ehhez én kevés voltam asszem. Gráfok és statisztika.

Motoki Shiga - Annotationg Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network

Durva akcentusa volt a csávónak, nem is értettem rendesen.

Janusz Dutkowski - Identification of Functional Modules from Conserved Ancestral Protein-Protein Interactions

Fajok közöttt konzerválódott proteinhálózatok. Ez volt a legérdekesebb része, annak ellenére, hogy ez elvileg csak egy melléktermék volt.

Jayesh Pandey - Functional Annotation of Regulatory Pathways

Ööö, kicsit elbambultam.

Keynote 2

Soren Brunak - Understanding interactomes by data integration

How fast does gene regulation evolve? Illusztrációként George Bush és egy csimpánz, élesztővel és Arabidopsissal körítve. Na ez volt eddig a legjobb.

Az eddigi leírások kicsit szűkszavúak, de vagy elolvasható az egész absztrakt a Keynote-ok esetében, vagy majd letölthető lesz a teljes cikk, a Bioinformatics oldaláról, esetleg innen. Egyébként se olvassa senki ezt az egészet, szóval leginkább saját használatú jegyzetként fog működni a blog.

Miután tegnap hajnali 1-kor sikerült olyan szinten rosszul lennem a Blahán, hogy nem voltam biztos benne, hazajutok-e egészben, aztán ma reggelre beszart a bojler és nem volt melegvíz, ráadásul utolsó pillanatban kapkodtam össze a cuccaimat indulás előtt, sikerült kijutni Bécsbe. Szobában internet nincsen, viszont van “high speed ADSL internet corner at the reception”. Faszom. Egyébként minden szokásos megvolt, regisztráció, biléta nyakba, undorító színű táska, aminek köszönhetően a falkába tartozó kockafejű bioinformatikusok akárhol kiszúrhatók a városban, rakás programfüzet, egyéb hülye papírok és egy holnaptól érvényes bérlet. Ugyan miért is kéne mától érvényesnek lennie, amikor megérkezik mindenki?

Mostantól pedig majd “opening reception at Vienna City Hall”. Dress code is van, húbazmeg. Majd meglátjuk hány Linux pingvin lesz.

update :  Nem is voltak Linux pingvinek, de legalább volt csapolt sör.