… tuned to a dead channel

A Google egyre durvább lesz, ahogy elnézem. Hamarosan várható valami Google Health elnevezésű dolog, ami egészségügyi profilokat tárol, rendszerez és elvileg a megfelelő orvoshoz irányít, a megfelelő kezelést javasolja, miközben egy kis szociális hálózatépítés is folyik (Hú, te is 5 helyen törted el a lábszárad? Melyik orvoshoz menjek?). Emellett szeretnék a tudományos adatokat is rendszerezni, beleértve a fel nem használt, feledésbe merült dolgokat is, ráhúzva az egészre egy adatbányász felületet. A scholar.google.com pedig a különböző publikációk között keres, és néha már most is jobb mint a PubMed. Ehhez még hozzávesszük a 23andMe és hasonló cégek törekvéseit, az olcsó szekvenálási eljárásokat, és vagy belefulladunk az irtózatos adathalmazokba, vagy pedig rájövünk hogyan is kéne ezeket rendszerezni, elemezni, összekapcsolni, és utána aggódunk a privacy miatt.

Kis késéssel, de rájöttem, hogy van Bio::Blogs 17. és 18. rész. Mondjuk a Bioinformatics Zen cím láttán elkezdett  rángani az arcom, és most sem értem teljesen, hogy ez a fasztuggyami + Zen szókapcsolat ugyan mi is akar lenni, de sebaj. Trendi hülyegyerek zen.

Bio::Blogs 16. rész, Halloween edition.

Van Bio::Blogs 15. rész.

Két friss (nekem legalábbis) próbálkozás a tudomány-publikálás-socialnetwork-webkettő témakörben a Postgenomic, Scintilla, PLoSOne mellé.

Journalfire

Journalfire provides a centralized location for you to share, discuss, and evaluate published journal articles. You, the scientists, are put in charge of determining what studies are significant and noteworthy.

BioWizard

The BioWizard community was designed to make the literature search process more productive, interactive, and personalized. BioWizard provides an incredibly easy way to find and discuss the most relevant peer-reviewed medical and scientific literature. In addition, BioWizard offers an array of tools and features, including a comprehensive products search, the latest scientific news, the table of contents from major journals, and blogs from some of the most prominent minds in science and medicine today.

A különféle egyéb közösségi híroldalakon, mint a Digg, valahogy eléggé eltűnik a használható tudomány a süllyesztőben, pedig a koncepció nem rossz. Arrafelé egyébként is fontosabb a legfrissebb Google által készített USB portra dugható láncfűrész és a 20. Apple pletyka. A Digg-et olvasva mindig rájövök, hogy a webkettő prófétái által folyamatosan magyarázott “wisdom of the crowd” elképzelés eléggé gázos eredményekhez vezethet.

Kissé hanyagolva van mostanában a tudományos/bioinformatikus vonulat errefelé. Már gondolkodtam, hogy kéne külön egy tematikus blog, meg egy a saját faszságaimnak, de hát ez így izgalmas, ki tudja miről szól a következő poszt, bazmegezés lesz-e, bioinformatika, vagy valami elbaszott művészember.

Szóval : nagyon pörögnek mostanában a weben garázdálkodó tudósok körében a videómegosztó oldalakkal kapcsolatos viták. Használható-e a videó, és ha igen, pontosan mennyire és mire a tudományos vitákban. Hirtelen 3 + 1 oldalt tudnék kiemelni. Bioscreencast : biológiával kapcsolatos oktatófilmek. Elsősorban persze bioinformatikai témákról van szó, de remélhetőleg amint lehetőség lesz saját videók feltöltésére, megismerhetjük például a szumátrai orrszarvú mesterséges megtermékenyítésének különféle módszereit is. A SciVee különféle videókommentárok csatolását teszi lehetővé adott cikkhez. Mindez a PLoS, NSF és SDSC támogatásával. A JoVE a legambiciózusabb, megpróbálják vizualizálni és publikálni a ma már eléggé bonyolult kísérleti módszereket. Kérdés, hogy mennyire lusták a kutatók (nagyon), amikor arról van szó, hogy fogni kéne egy videókamerát és azzal bohóckodni a laborban. A blog és a link/cikkmegosztás már átütötte az ingerküszöböt, de erre még várni kell egy kicsit valószínűleg. + 1 szolgáltatásnak meg itt van az Eyejot, amivel videóüzeneteket küldözgethetünk egymásnak, és még csak külön szoftver sem kell hozzá. Ja és ha már videó, akkor YouTube mellett tessék nézegetni a Kyte.tv, Blip.tv, Brightcove és Metacafe felé is. Hosszabb lista a tudományos videókkal foglalkozó oldalakról.

Írnék még ide arról is, hogy a Nature már a Second Life-ba is beférkőzött, és milyen egyéb dolgok vannak arrafelé, ha a SL fejlesztői nem szarnának nagy ívben az integrált Intel videókártyával rendelkező lúzerekre, de hát nem volt egy jótét lélek sem, aki hozzámvágott volna még 300k-t tavaly ilyenkor, hogy semmiképpen se MacBook-ot vegyél, hanem inkább MacBook Pro-t.

Van Bio::Blogs 14. rész a My Biotech Life-on. Ezt is többet kéne reklámozni (meg olvasni).

Egyébként pedig igen trükkös dolgokat lehet csinálni a DNS-el, egyes pihentagyúak például azon gondolkodnak, hogy hogyan lehetne az úgynevezett junk DNS (itt most habzó szájjal üvöltök, hogy nincs junk DNS bazmeg) helyére tetszőleges információt bezsúfolni és pl. hangyákon vagy baktériumokon keresztül mindenféle szövegeket, információkat megmenteni az enyészettől. Akadnak egyébként igen trükkös paraziták is, amelyeknek van pofájuk a teljes genomjukat átpasszolni a gazdaszervezetnek, aztán levan a gond mindenről. Az a junk DNS lehet, hogy már csak ezért sem junk DNS. Bővebben itt.

Firefox használó kutatóknak talán hasznos lehet a következő extension cikkgyűjtéshez, rendezgetéshez, ilyesmihez. Nekem valahogy nem sikerült megszoknom eddig, de még küzdök.

Zotero is an easy-to-use yet powerful research tool that helps you gather, organize, and analyze sources (citations, full texts, web pages, images, and other objects), and lets you share the results of your research in a variety of ways. An extension to the popular open-source web browser Firefox, Zotero includes the best parts of older reference manager software (like EndNote)—the ability to store author, title, and publication fields and to export that information as formatted references—and the best parts of modern software and web applications (like iTunes and del.icio.us), such as the ability to interact, tag, and search in advanced ways.

Már nem tudom hogyan, de sikerült rátalálni a Galaxy nevű genomböngésző, adatvizualizáló és elemző oldalra. Egész korrektnek tűnik, UCSC, BioMart, ENCODE és egyéb adatokkal lehet bűvészkedni, összevonni, konvertálni, elemezni. Ott figyel benne az EMBOSS is, de némi statisztikára és filogenetikára is lehetőség van. Eredeti cikk.

Adatbűvészkedéssel kapcsolatban pedig a következő nagy kérdés az lesz, hogy szükség van-e arra, hogy a kutatók a cikkekben szépen kicsiszolt (esetleg összehazudott vagy kozmetikázott) eredmények mellett a nyers adatsorokat és protokollokat is közöljék valahol. A protokollok esetén nem meglepő, hogy a leközölt verzió nem mindig tartalmazza az összes információt, ami egy adott kísérlet sikeres megismétléséhez kell, pedig az egész rohadt tudományos kutatásnak ez lenne az egyik alapja (reprodukálhatóság). Persze van amit tényleg nem lehet pontosan megismételni, úgy, hogy ugyanaz a biológiai eredmény jöjjön ki (lásd microrarray), de sokszor még a szekvenciaadatok vagy alapvető lépések is hiányzanak, ahonnan egyáltalán el lehetne indulni és nem véletlenül. A másik probléma pedig a nyers adatok kiértékeléséhez kapcsolódik. Mindenki próbál szép, egyértelmű, saját szája íze szerinti statisztikával és módszerrel kiértékelt eredményeket mutogatni, na de mi van ha más is szeretné megnézni a dolgot, aztán egy másik módszerrel szintén kielemezni?

Mindezekre nagyon egyértelmű lenne az a megoldás, hogy különféle neten elérhető adatbázisokba felrakom az egészet, aztán belinkelem a megfelelő cikkek mellé, de amíg ez nem kötelező (és adott tudományterület félisteni szakértője úgy publikál ahogy kedve van ), nem sokra fogunk menni. A PLoS One simán próbálkozhatna ilyenekkel, miután a Creative Commons alapján kezd összeállni valami Science Commons néven. A kutató leközölhetné az adatait és protokolljait úgy, hogy megadja a felhasználás feltételeit is nagyvonalakban. via

Ahogy egyre inkább elérhetővé válik az átlagember számára is teljes genomjának megszekvenálása (1000 $ genome) és különféle hivatalos vagy kevésbé hivatalos szervek is a szekvenciaadatokra támaszkodnak különféle esetekben, úgy lesz egyre több probléma is a módszerekkel. Ma még nem kivitelezhető, de ha majd csak bepattintom az automatába a nyálmintámat és másnapra elfogadható áron ott a kezemben valami adathordozón a 3 gigabázisnyi ACGT, kezdődik a szívás.

Mivel már ma sem túl nehéz nagyobb mennyiségű DNS-t szintetizálni, elképzelhető, hogy valaki megszerezve nem publikus szekvenciaadatokat, a megfelelő mennyiségű DNS-el szennyezett rágógumit, cigicsikket vagy hasonlót hagy maga mögött egy bűntény helyszínén. A rendőrség lelkesen megszekvenálja a mintát, majd előrángatja Józsi bácsit, aki életében nem járt a környéken, de sajnos egy héttel korábban ellopták a laptopját, ahonnan vidáman leszedte és felhasználta valaki az összes használható információt, többek között egy szekvenálás eredményét. Kíváncsi vagyok Craig Venter hány bűntényt fog elkövetni a jövőben a világ különböző pontjain.

Innen loptam. És hát a GATC Biotech erősen belehúzott, hogy tényleg kurva sokat tudjanak szekvenálni. Majd amikor a kólaautomata mellett is kint lesz a logójuk a másik fémkockán, akkor kell elkezdeni gondolkodni.

Ajánlom figyelmébe minden bioinformatikusnak a Bio::Blogs című blogot. Tulajdonképpen ez nem blog, csak egy-egy poszt, ami egy olyan oldalra mutat, ahol az adott hónapban valaki összegyűjtötte az érdekesebb bioinformatikai témájú írásokat.

Utolsó adag.

Highlight Tracks

Saurabh Sinha - Genome scan for cis-regulatory DNA motifs associated with social behavior in honey bees

Érdekes előadás volt, bár a dolog még nagyon az elején jár. Úgy tűnik, hogy a méheknél a szociális viselkedési minták kialakításában ugyanazok a gének vesznek részt, amelyek a korai embriogenezist és az agy kialakulását szabályozzák. A másik lényeges megfigyelés az volt, hogy ezen gének promótere G/C gazdag motívumokat tartalmaz, esetleg az egész promóter G/C gazdag. A méhek genomja egyébként alapvetően A/T gazdag.

Boris Lenhard - Genomic Regulatory Blocks and Conservation of Synteny

Gerinces fajokban találhatók úgynevezett ultrakonzervált nem kódoló elemek. Ezek az elemek akár több 100 bázispár hosszúak is lehetnek és sokszor akár a halaktól az emberig bezárólag minden fajban bármilyen különbség nélkül megőrződtek. Kérdés, hogy mi a szerepük. Az egyik elképzelés szerint enhancerként funkcionálnak, és bizonyos gének tér és időbeli kifejeződését szabályozzák, akár több 1000 bázispár távolságból, úgy, hogy a közbeeső génekre semmilyen hatással nincsenek. Ez magyarázatot adhat arra a megfigyelésre is, hogy azon régiók, amelyekben ilyen ultrakonzervált elemek vannak, szinténikusak minden fajban, nincs semmilyen genomátrendeződés a környéken. Ha lenne, akkor az elem nem tudná kifejteni hatását a célgénre. Úgy tűnik, hogy általában transzkripciós faktor és miRNS gének esetében vannak ilyen mechanizmusok.

Adam Godzik - The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition

Craig Venter újabb megalomán projektje. Végighajózta egy rakás kutató a Földet, baktériummintákat gyűjtöttek mindenhonnan, majd megszekvenálták az egész halmazt és ORF-eket kerestek bennük (a baktériumok nem voltak faj/törzs/akármi szerint szétválogatva, csak egy közösségi DNS minta volt, mivel az előadás szerint a baktériumok ~90%-a nem tenyészthető ki, ha ki van szakítva a dög a saját szimbionta közösségéből). ORF alatt itt egy legalább 60 aminosav hosszú régiót értettek. Ezek után az ORF-ekhez hozzácsapták az NCBI, a TREMBL és egyéb adatbázisok összes proteinszekvenciáját (28.6 millió összesen), belökték valami szuperszámítógépbe és klaszterezték az egészet, majd kicsit megtisztították az adathalmazt. A végére maradt 6 millió szekvencia az újakból, igen sok proteincsalád jelentősen bővült és lett még kb 4000. Szóval igen sok proteinnel még nem is találkoztunk soha, lesz még min rágódni. Könyv.

Steven Brenner - Unproductive splicing of SR genes associated with highly conserved and ultraconserved DNA elements

Lényeg : az alternatív splicing során igen sokszor az egyik izoforma NMD (nonsense mediated decay) segítségével lebomlik, mivel stop kodont tartalmaz. Ez állítólag a több izoformával rendelkező gének 45%-ával megesik. Sokszor egy “mérgező” exon kazetta kerül a lebontásra ítélt izoformába, ami a stop kodont tartalmazza. Az SR gének esetében a “mérgezés” miatt lebontott izoforma az, ami eredetileg nagyobb mennyiségben átíródik. A “mérgező” kazetta elvileg egy ultrakonzervált régióban helyezkedik el (lásd feljebb). Valójában azonban semmilyen konzerválódásról nincs szó, teljesen függetlenül alakult ki ugyanaz a régió, ami bázispárra megegyezik, minden fajban. Lehet, hogy más ultrakonzervált régiók sem konzerváltak valójában. Hoppá.

Keynote 8

Terry Speed - Genome-wide genotyping: the great classification challenge

Bassza meg, erről nem jegyzeteltem semmit, pedig jó volt.

Keynote 10

Temple Smith - Computational Biology : What is next?

Röviden és egyszerűen : szar volt. Biztos kevés volt az emberáldozat. Csökkenni fog az adatbázisok és eszközök száma, bele kell verni a biológusok fejébe a bioinformatikát, stb. Aha.