Bioinf update
Szeptember 4, 2007
Kissé hanyagolva van mostanában a tudományos/bioinformatikus vonulat errefelé. Már gondolkodtam, hogy kéne külön egy tematikus blog, meg egy a saját faszságaimnak, de hát ez így izgalmas, ki tudja miről szól a következő poszt, bazmegezés lesz-e, bioinformatika, vagy valami elbaszott művészember.
Szóval : nagyon pörögnek mostanában a weben garázdálkodó tudósok körében a videómegosztó oldalakkal kapcsolatos viták. Használható-e a videó, és ha igen, pontosan mennyire és mire a tudományos vitákban. Hirtelen 3 + 1 oldalt tudnék kiemelni. Bioscreencast : biológiával kapcsolatos oktatófilmek. Elsősorban persze bioinformatikai témákról van szó, de remélhetőleg amint lehetőség lesz saját videók feltöltésére, megismerhetjük például a szumátrai orrszarvú mesterséges megtermékenyítésének különféle módszereit is. A SciVee különféle videókommentárok csatolását teszi lehetővé adott cikkhez. Mindez a PLoS, NSF és SDSC támogatásával. A JoVE a legambiciózusabb, megpróbálják vizualizálni és publikálni a ma már eléggé bonyolult kísérleti módszereket. Kérdés, hogy mennyire lusták a kutatók (nagyon), amikor arról van szó, hogy fogni kéne egy videókamerát és azzal bohóckodni a laborban. A blog és a link/cikkmegosztás már átütötte az ingerküszöböt, de erre még várni kell egy kicsit valószínűleg. + 1 szolgáltatásnak meg itt van az Eyejot, amivel videóüzeneteket küldözgethetünk egymásnak, és még csak külön szoftver sem kell hozzá. Ja és ha már videó, akkor YouTube mellett tessék nézegetni a Kyte.tv, Blip.tv, Brightcove és Metacafe felé is. Hosszabb lista a tudományos videókkal foglalkozó oldalakról.
Írnék még ide arról is, hogy a Nature már a Second Life-ba is beférkőzött, és milyen egyéb dolgok vannak arrafelé, ha a SL fejlesztői nem szarnának nagy ívben az integrált Intel videókártyával rendelkező lúzerekre, de hát nem volt egy jótét lélek sem, aki hozzámvágott volna még 300k-t tavaly ilyenkor, hogy semmiképpen se MacBook-ot vegyél, hanem inkább MacBook Pro-t.
Van Bio::Blogs 14. rész a My Biotech Life-on. Ezt is többet kéne reklámozni (meg olvasni).
Egyébként pedig igen trükkös dolgokat lehet csinálni a DNS-el, egyes pihentagyúak például azon gondolkodnak, hogy hogyan lehetne az úgynevezett junk DNS (itt most habzó szájjal üvöltök, hogy nincs junk DNS bazmeg) helyére tetszőleges információt bezsúfolni és pl. hangyákon vagy baktériumokon keresztül mindenféle szövegeket, információkat megmenteni az enyészettől. Akadnak egyébként igen trükkös paraziták is, amelyeknek van pofájuk a teljes genomjukat átpasszolni a gazdaszervezetnek, aztán levan a gond mindenről. Az a junk DNS lehet, hogy már csak ezért sem junk DNS. Bővebben itt.
Szeptember 5, 2007 at 10:53 am
Tök jó ez a junk DNS. Már alig várom, hogy kedvenc filmjeimet ne DVD-n vegyem meg, hanem mondjuk egy baktériumtenyészet képében. A másolásvédelem meg nem lenne más, mint egy mutáció a DNS polimerázban.
Kérdés, lesz-e SATA felületű baktérium-író 4x-es sebességgel.
Csak azt nem tudom, hogy a mutációkat mivel küszöbölik ki, mert a végén még elképzelhető, hogy a kiírom kedvenc programjaimat egy baciba, azután a csúnya mutáció miatt CRC hibás lesz és nem fog futni.
Egyébként nem értem, miért a junk DNS-be akarnak írni. Baktériumoknál könnyedén megoldható, hogy beleraknak egy plazmidot, ami majdnem azt tartalmaz, amit akarnak. Nem akarok hülyeséget mondani, de 2000Ft/bázisért olyan szeknveciát szintetizálnak nekem, amilyet csak akarok. Ha nem túl nagy, akkor elektroporációval be tudom vinni a baciba, aztán kész.
Ha pedig el akarom olvasni a bacimba tárolt infót, nem kell mást tennem, mint csinálni egy miniprepet (40 perc, ha az overnight növesztést nem számítjuk), majd egy Prisma ABI szkennerrel elolvasni. (Ez kb. 20000 Ft volt anno és egy hétbe került.)
A tárolás is egyszerű, csak egy -80C fokos hűtő kell, és máris 70 évre biztosítottuk az információt.
Nem is értem, miért használnak még mindíg írható DVD-t?
Szeptember 5, 2007 at 1:03 pm
De nagyon ráérsz (legalább annyira mint én) :)
Szeptember 5, 2007 at 2:05 pm
Ezt munka közben csináltam, miközben a Bioconductor számolta a gcrma normalizálást. Ez kicsit hosszabb üresjárat szokott lenni. Nekem nincs időm 20 féle videomegosztó portált böngészni :-)