… tuned to a dead channel

Firefox használó kutatóknak talán hasznos lehet a következő extension cikkgyűjtéshez, rendezgetéshez, ilyesmihez. Nekem valahogy nem sikerült megszoknom eddig, de még küzdök.

Zotero is an easy-to-use yet powerful research tool that helps you gather, organize, and analyze sources (citations, full texts, web pages, images, and other objects), and lets you share the results of your research in a variety of ways. An extension to the popular open-source web browser Firefox, Zotero includes the best parts of older reference manager software (like EndNote)—the ability to store author, title, and publication fields and to export that information as formatted references—and the best parts of modern software and web applications (like iTunes and del.icio.us), such as the ability to interact, tag, and search in advanced ways.

Már nem tudom hogyan, de sikerült rátalálni a Galaxy nevű genomböngésző, adatvizualizáló és elemző oldalra. Egész korrektnek tűnik, UCSC, BioMart, ENCODE és egyéb adatokkal lehet bűvészkedni, összevonni, konvertálni, elemezni. Ott figyel benne az EMBOSS is, de némi statisztikára és filogenetikára is lehetőség van. Eredeti cikk.

Adatbűvészkedéssel kapcsolatban pedig a következő nagy kérdés az lesz, hogy szükség van-e arra, hogy a kutatók a cikkekben szépen kicsiszolt (esetleg összehazudott vagy kozmetikázott) eredmények mellett a nyers adatsorokat és protokollokat is közöljék valahol. A protokollok esetén nem meglepő, hogy a leközölt verzió nem mindig tartalmazza az összes információt, ami egy adott kísérlet sikeres megismétléséhez kell, pedig az egész rohadt tudományos kutatásnak ez lenne az egyik alapja (reprodukálhatóság). Persze van amit tényleg nem lehet pontosan megismételni, úgy, hogy ugyanaz a biológiai eredmény jöjjön ki (lásd microrarray), de sokszor még a szekvenciaadatok vagy alapvető lépések is hiányzanak, ahonnan egyáltalán el lehetne indulni és nem véletlenül. A másik probléma pedig a nyers adatok kiértékeléséhez kapcsolódik. Mindenki próbál szép, egyértelmű, saját szája íze szerinti statisztikával és módszerrel kiértékelt eredményeket mutogatni, na de mi van ha más is szeretné megnézni a dolgot, aztán egy másik módszerrel szintén kielemezni?

Mindezekre nagyon egyértelmű lenne az a megoldás, hogy különféle neten elérhető adatbázisokba felrakom az egészet, aztán belinkelem a megfelelő cikkek mellé, de amíg ez nem kötelező (és adott tudományterület félisteni szakértője úgy publikál ahogy kedve van ), nem sokra fogunk menni. A PLoS One simán próbálkozhatna ilyenekkel, miután a Creative Commons alapján kezd összeállni valami Science Commons néven. A kutató leközölhetné az adatait és protokolljait úgy, hogy megadja a felhasználás feltételeit is nagyvonalakban. via